乳制品杀菌主要目的是杀死存在于乳制品中的微生物或其孢芽，延长乳制品保质期，确保乳制品质量安全。
微生物污染是引起乳制品变质的主要原因，除了乳制品原料的污染，制品生产加工的各个环节，如过滤、浓缩、发酵、包装等等环节造成的微生物污染是罪魁祸首，所有接触到乳制品的容器设备、管道、工具、包装材料等都是要进行彻底的灭菌，防治微生物的污染，以保证产品质量。
乳品生产常用杀菌消毒方法：
低温长时间杀菌法，又叫巴氏杀菌(LTLT)：即让牛奶在60℃下保持半小时左右，从而达到巴氏杀菌的目的。这种方法破坏营养成分比较严重，这种方法在液态奶生产当中已经基本不用了。
高温短时间巴氏杀菌法(HTST)：用于液态奶的高温短时间杀菌工艺，是把牛奶加热到72℃～75℃，或者是82℃～85℃，之后保持15秒～20秒，然后再进行冷却。这是目前乳品企业普遍采用的一种杀菌方法，这种方法相对较好，牛奶中的营养成分损失的相对较少，细菌杀得也比较彻底，牛奶的风味保存的也相对较好。
超高温瞬时灭菌(UHT)：这是目前较先进的杀菌方法，是指将原料奶在连续流动的状态下通过热交换器迅速加热到135℃～140℃，保持3秒～4秒，从而达到商业无菌的杀菌方法。因为加热的时间较短，牛奶的风味、性状和营养价值均没有受到明显的破坏，目前蒙牛、伊利等大的牛奶加工场采用的就是这种方法。
紫外线消毒：紫外线是一种低能量(5电伏)的电磁辐射波，在短波段(240.0-280.0mm)附近的紫外线有较强的杀菌力。目前紫外线杀菌多用253.7nm紫外线波长进行杀菌。利用紫外线杀菌是用人工制造的紫外线杀菌灯进行的，在车间顶棚上均布紫外线杀菌灯，利用其产生的紫外线辐射进行物体表面和空气的消毒灭菌。但仅能杀灭直接照射到的微生物。
电离辐射消毒：电离辐射消毒是指利用r射线电子辐射能穿透物品，杀死其中的微生物所进行的低温灭菌方法，因为该消毒方法不升高被照射物品的温度而达到消毒灭菌目的，而称之为“冷”灭菌。电子辐射能穿爱被辐射物品，不受物品包装、形态的限制，因此使用范围非常广泛。但是基本建设投资大成本高，对人体有伤害，需特殊防护。呼和浩特机械设备
