不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏杀菌设备其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。经巴氏杀菌/消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，保存了牛奶的营养与天然风味同时，会缩短乳品的保质期。因此，要求巴氏杀菌奶要在4℃左右的温度下保存，这样细菌的繁殖就非常慢，牛奶的营养和风味就可在几天内保持不变。
国际上通用的巴氏高温消毒法主要有两种：
方法一：将牛奶加热到62~65℃，保持30分钟。采用这一方法，可杀死牛奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
方法二：将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养损失。
巴氏杀菌设备使用方法：
1、接通电源，该设备为三相四线，其中一根双色线为零线(请专业人员进行接线作业，以防对设备造成损坏)；
2、打开电源开关，设定温度；设定温度过程为：按SET，按右键调适需要调整的位数，按上下键设定具体的数值，设定好后再按一次SET键确认；
3、打开杀菌开关，设备开始升温，温度升到设定值后自动停止；在工作过程中温度下降升温自动工作；
4、温度升到设定值后，打开，网带开始运行，进行杀菌；
5、网带运行速度用电器箱内部的变频器进行调整，旋钮顺时针旋转为提高速度，反之速度降低；
巴氏杀菌设备使用注意事项：
1、每天工作结束后，应对设备进行清洗。
2、每月应检查减速机油位及油质，必要时进行加油或换油作业，所用油品为32号汽机油。
3、电气系统非专业人员禁止开箱。
4、设备移动及重新接线时，应确认电机的转向，如反转，则将三相电中的两相任意两相倒换。
